Η Ήπειρος κατοικήθηκε από τους παλαιολιθικούς χρόνους. Οι κάτοικοι εκείνης της εποχής ήταν κυνηγοί και ποιμένες και κατασκεύασαν μεγάλoυς τύμβους για να θάψουν τους ηγέτες τους. Οι τύμβοι αυτοί είχαν παρόμοια χαρακτηριστικά με εκείνους που κατασκευάστηκαν αργότερα από τους Μυκηναίους.
Σε αντίθεση με τα υπόλοιπα ελληνικά φύλα που διαμορφώθηκαν στα πρότυπα της πόλης-κράτους, όπως η Αθήνα, η Σπάρτη και η Κόρινθος, οι Ηπειρώτες ζούσαν σε μικρά χωριά. Η περιοχή βρισκόταν στο άκρο του ελληνικού κόσμου και συχνά οι ηπειρώτικες φυλές είχαν να αντιμετωπίσουν εισβολείς από τον βορά. Η περιοχή πάντως ήταν ιδιαίτερης θρησκευτικής σημασίας για τον αρχαίο ελληνικό κόσμο, λόγω της παρουσίας του Μαντείου της Δωδώνης, του 2ου σημαντικότερου μετά από αυτό των Δελφών.
Με τη ρωμαϊκή κατάκτηση έπαψε και η ανεξαρτησία της Ηπείρου. Το 146 π.Χ. έγινε ρωμαϊκή επαρχία με το όνομα ‘’Παλαιά Ήπειρος’’.
Η Οθωμανική περίοδος ήταν εξαιρετικά επώδυνη για την Ήπειρο, οι καλλιεργήσιμες εκτάσεις δόθηκαν στους μουσουλμάνους και πολλοί Ηπειρώτες αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν την περιοχή, για μια καλύτερη ζωή. Υπήρχαν όμως μεμονωμένες περιοχές στα παράλια που βρίσκονταν υπό βενετική κυριαρχία μέχρι τα τέλη του 15ου αι. όπου ολοκληρώθηκε η οθωμανική κατάκτηση στην Ήπειρο.
Δύο από τα τρία ιδρυτικά μέλη της Φιλικής εταιρείας που προετοίμασαν το έδαφος για την Επανάσταση ήταν από την Ήπειρο, ο Νικόλαος Σκουφάς και ο Αθανάσιος Τσακάλωφ (από Άρτα και Ιωάννινα αντίστοιχα). Όταν ξέσπασε η Επανάσταση του 1821 πολλές πόλεις και χωρία της περιοχής ύψωσαν την σημαία της επανάστασης και οι Ηπειρώτες συμμετείχαν ενεργά στις συγκρούσεις, εντός και εκτός Ηπείρου.
Η Ήπειρος μεταπολεμικά υπήρξε από τις πιο παραμελημένες, οικονομικά, περιοχές της χώρας, με πολλούς Ηπειρώτες να φεύγουν για το εξωτερικό για μια καλύτερη τύχη. Τις τελευταίες δύο δεκαετίες μεγάλη έξαρση έχει σημειώσει ο τουρισμός της περιοχής, ιδιαίτερα το καλοκαίρι στις παραθαλάσσιες περιοχές, αλλά ακόμη και τον χειμώνα στις ορεινές (ιδιαίτερα στο Ζαγόρι και το Μέτσοβο).